Fager infekterar endast specifika bakterier. Det är okänt huruvida det finns en fag för varje art av bakterier eftersom endast en bråkdel av de idag kända bakteriearterna har studerats på den här detaljerade nivån. Vissa fager är virulenta, vilket betyder att utöver att infektera en cell så börjar de omedelbart att reproducera sig, och inom en kort tid lyserar (förstör) de cellen som släpper ut nya fager. Några så kallade ”termofager” kan istället gå in i ett relativt harmlöst stadium, antingen integrerandes deras genetiska material i värdcellens kromosomala DNA (mycket snarlikt retrovirus hos djur) eller så etablerar de sig själva som plasmider. Deras endogena fager, refereras till som profager, kopieras då genom varje celldelning tillsammans med värdcellens DNA. De dödar inte cellen men styr tillståndet för sin värd. När värdens tillstånd försämras genom exempelvis ökad temperatur eller brist på näringsämnen, blir de endogena fagerna aktiva. De initierar den reproduktiva cykel som resulterar i lysering av värdcellen, utifall att värdbakterien skulle dö. Ett exempel är λ fagen som attackerar bakterien E. coli. Ibland kan profager ge nytta åt värdbakterien medan de är i viloläge. Genom att tillföra nya funktioner till bakteriens genom, ett fenomen kallat lysogenisk konvertering. Ett känt exempel på denna konvertering är den harmlösa strängen från Vibrio cholerae som genom en fag övergår till den högvirulenta formen som ger kolera.